Porečje reke Dragonje obsega 95,6 km2 in ima 18 desnih in 13 levih pritokov. Celotni tok Dragonje je dolg 26,6 km, struga razmeroma malo vijuga, zato je tok dokaj raven in kratek, kar je v skladu z njenim hudourniškim značajem. Vzdolžni profil je uravnotežen, brez večjih stopenj oz. neenakomernosti. Povprečni padec v izvirnem območju je okrog 2,5%, v srednjem toku (od Pinjevca do Argile) 0,75%, v spodnjem toku, ki je reguliran, pa 0,2%.
Pritoki Dragonje večinoma niso regulirani, razen Krkavškega potoka, ki je delno reguliran v spodnjem nižinskem delu doline. V povirnem delu je bila v šestdesetih letih zgrajena prodna pregrada, ki se je ob nastopu izrednih hidroloških razmer pred leti podrla (razlog neredno vzdrževanje). Potok Pinjevec (Rokava) ima na odseku na Škrlinah in gorvodno od Škrlin v dolžini cca. 2,0 km dno struge iz plošč peščenjaka. Širina dna struge na tem delu znaša cca. 10,0-15,0 m. Brežine so zaraščene, pretežno z grmovno zarastjo.
Dragonja sodi v kategorijo sredozemske reke. Njeno porečje obsega območje fliša Šavrinskega gričevja v Slovenski Istri, na južnem območju pa meji na Bujski kras. Gre za območje, ki je del vodozbirnega zaledja Piranskega zaliva, kamor se npr. stekajo tudi podvodni sladkovodni izviri ob Savudrijski obali, ki so nadaljevanje številnih kraških izvirov ob stiku apnenčastega antiklinalnega hrbta s sinklinalno kadunjo ob levem bregu Dragonje, od pritoka Argile do izliva v morje. Kraško zaledje izvirov in potoka Argile ležijo v Republiki Hrvaški. Gričevnat svet povodja Dragonje ima široke ploščate hrbte, na katerih so se razvila skoraj vsa naselja, medtem, ko so ozke doline pritokov skoraj nenaseljene, razen spodnjega dela porečja.
V zgornji hudourniški tok uvrščamo zgornji odsek Dragonje in Pinjevca ter večino manjših pritokov. Za ta območja so značilni prevladujoči erozijski procesi, torej območja, kjer se hribinski material sprošča in potuje s tokom. Za te hudourniške pritoke je značilna jarkasta erozija, ki na posameznih lokacijah posledično prehaja v usadno erozijo (spodkopavanje pobočij). Hitrost teh procesov je odvisna od strukture flišnih plasti in kvalitete same hribine.
Srednji tok obsega območje na Dragonji od Treka do Krkavč in na Pinjevcu od Loparja do sotočja. Glede na značilnosti lahko srednji tok razdelimo na dva dela z razmejitvijo pod Škrlinami. Za zgornji del srednjega toka, kjer so padci dovolj veliki (med 1 in 5 %), so značilni izraziti dinamični procesi s sproščanjem, premeščanjem in odlaganjem plavin, ki so posledica bočne erozije in premeščanja struge po aluvialnem dolinskem dnu.
Značilni sta dve vrsti bočne erozije, in sicer bočna erozija dolinskih pobočij in bočna erozija rečnih naplavin. Tok je izrazito stopničast s tolmuni, brzicami in zaznavnimi procesi meandriranja. Rečno korito je na tem delu relativno plitvo in visoke vode se razlivajo iz korita, kar zmanjšuje erozivno moč, zaradi goste obrežne zarasti in poraščenosti dolinskega dna. Problem bočne erozije manj odpornih brežin je najbolj opazen pod sotočjem s Pinjevcem in na celotnem Pinjevcu, kar povzroča težave na lokacijah, kjer vodna erozija ogroža kmetijske površine, posamezne hiše in komunikacije.
Spodnji del srednjega odseka je bolj umirjen, povprečni padci doline se gibljejo med 0,5 in 1%. Struga ni regulirana in ni vzdrževana, širina dna struge znaša cca. 5,0-10,0 m in je večinoma zarasla z grmovno zarastjo ter manjšimi drevesi na brežinah. Erozijski procesi so zaznavni le kot bočna erozija dolinskega dna in usedlin klifastih pobočij, predvsem na območju gorvodno od Krkavč, kjer Dragonja poteka ob južnem dolinskem robu. V primerjavi z gorvodnim območjem je rečno korito globlje in tvori ostre kljuke, med katerimi se raztezajo izravnani odseki, brežine so poraščene. Ob strugi se razprostirajo kmetijska zemljišča.
Območje reke Dragonje predstavlja zaradi ohranjenosti svoje naravne struge in obvodnega prostora, visoko stopnjo ohranjene biotske raznovrstnosti posebno naravno vrednoto, saj večjih tehničnih posegov na tem območju do sedaj ni bilo.
